Obwohl ein Kaiserschnitt einen Routineeingriff darstellt, sind damit – wie bei jeder Operation – bestimmte Risiken verbunden. Zu den möglichen Komplikationen zählen: Nebenwirkungen der Anästhesie, Verletzungen an z.B. Blase, Darm oder Blutgefäßen während des Eingriffes, Infektionen der Narbe oder Wundheilungsstörungen, eine Entzündung der Gebärmutterschleimhaut (Endometritis), Infektionen des Urogenitaltrakts sowie eine verminderte Darmfunktion.
Frauen, die nach einer ersten Kaiserschnittgeburt ein weiteres Mal schwanger werden, müssen mit einem höheren Komplikationsrisiko rechnen (z.B. durch Uterusruptur, Placenta praevia oder Verwachsungen). Ein erneuter Kaiserschnitt bei einer nachfolgenden Schwangerschaft ist jedoch kein Muss, nach einem Kaiserschnitt ist eine normale Geburt prinzipiell durchaus möglich, sofern keine Kontraindikationen dafür bestehen.
Wie bei jeder Operation mit anschließender Bettruhe steigt auch bei einem Kaiserschnitt das Risiko für die Entstehung eines Blutgerinnsels bzw. einer Thrombose; es ist höher als nach einer vaginalen Geburt. Um das Risiko zu verringern, werden präventiv Medikamente („Thrombosespritze“) gegeben.
Ein Kaiserschnitt kann auch für das Kind Folgen haben. Kaiserschnittbabys können während der ersten Stunden – oder in seltenen Fällen Tagen – nach der Geburt vorübergehende Anpassungsprobleme (insbesondere Probleme mit der Atmung) entwickeln und müssen in der Folge kinderärztlich überwacht werden. Um schwere Atemprobleme zu vermeiden, sollte ein geplanter Kaiserschnitt bei unauffälligem Schwangerschaftsverlauf und wenn keine anderen Gründe dagegen sprechen, keinesfalls vor der abgeschlossenen 38. Schwangerschaftswoche erfolgen.